เอกลักษณ์อีกอย่างหนึ่งของบ้านสไตล์ญี่ปุ่นนั่นก็คือ ประตูที่ถูกออกแบบมาอย่างปราณีตและบรรจง ตามไสตล์ญี่ปุ่นแท้ ๆ ลักษณะส่วนใหญ่จะเป็นบานเลื่อน ที่สมูดและแข็งแรง ตีตารางเป็นช่องตามการดีไซน์ที่สวยงาม วัสดุหลักที่ใช้เป็นไม้ ที่มีความทนทานสูงเช่น ไม้ ฮิโนกิ
ข้อดีของประตูไม้ ประตูไม้มีความแข็งแรง คงทน อายุการใช้งานยาวนานกว่า 10 ปี โดยถ้าประตูไม้ที่ใช้เป็นไม้สัก ก็จะสามารถติดตั้งได้ทั้งภายในและภายนอก เพราะมีคุณสมบัติในการทนแดด ทนฝน และป้องกันปลวกได้ดี
เนื่องจากประตูไม้มีความคงทน แข็งแรง จึงทำให้ประตูไม้มีราคาสูง และในไม้บางชนิดก็เกิดการบิดงอ โก่ง พองตัวบ้างเล็กน้อย ได้เมื่อสภาพอากาศเปลี่ยนแปลง ทั้งนี้ ไม้ที่ใช้ในประเทศไทยสำหรับงานโครงสร้าง ตกแต่ง มีหลายประเภท ผู้ใช้งานควรศึกษาคุณสมบัติของไม้แต่ละประเภทเพื่อเลือกใช้ให้เหมาะสมกับการใช้งาน
